芝山岩遺址的發現，是在公元一八九六年，可說是台灣考古史上最早被發現的史前文化遺址。
芝山岩為一座孤立小山，舊名「圓山仔」。其與上述之火山群的地質度不同，是一座第三紀之砂岩小山。其頂部平坦，係「松山期臺北湖」時代，小山沒入湖中，海浪沖打山頂而形成的台地。今日在山頂和山坡的岩石上，仍可見到被海浪沖打所留下的痕跡。山的總面積約25000平方公尺，山頂平坦約8000平方公尺。山頂海拔高度約40公尺，山下周圍平地海拔約7公尺。在史前時代，山頂、山坡及山下周圍平地，皆可作人類棲息活動之所。