芝山岩在日據時代，是日本人倡導國與教育的精神崇拜聖地。西元1945年日本戰敗，台灣光復後，國民政府將日治時代的所建築的神社和各種石碑波壞，棄置在公園的各處。

民國48年，陽明山管理局首次整理芝山公園，重新詮釋民眾對於日據時代所謂的國與教育的價值觀，透過國民大會決議通過，重新在芝山岩豎立芝山巖事件碑，以彰顯先民的抗日義舉，主要目的在讓參觀者了解歷史的意義。